Program Studi di Luar Kampus Utama (PSDKU) Universitas Pattimura di Kabupaten Maluku Barat Daya (MBD) didirikan berdasarkan mandat dari Kementerian Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi melalui Surat Keputusan Dirjen Kelembagaan Dikti Nomor 730/C.C4/Kl/2016 tanggal 13 April 2016. Mandat tersebut memberikan kewenangan kepada Universitas Pattimura untuk menyelenggarakan pendidikan tinggi di luar domisili utama (PDD), yang kemudian bertransformasi menjadi PSDKU. Selanjutnya, melalui Surat Keputusan Menteri Ristek Dikti Nomor 280/KPT/I/2018 tanggal 15 Maret 2018, Universitas Pattimura secara resmi memperoleh izin operasional untuk pelaksanaan PSDKU di Kabupaten Maluku Barat Daya.
Sejak tahun 2016, Program Studi Akuntansi PSDKU Maluku Barat Daya telah mulai menerima mahasiswa baru bersamaan dengan beberapa program studi lainnya. Keberadaan program studi ini membuka peluang bagi putra-putri daerah Maluku Barat Daya untuk menempuh pendidikan tinggi di wilayahnya sendiri, tanpa perlu melanjutkan studi ke Ambon maupun ke daerah lain.